Joukkohaudan sijaintia epäiltiin. Kirjoittelussa esiintyi oletuksia, historian vääristelyä ja provosointia. Ei tiedetty, kuinka monta henkilöä Santahaminaan oli haudattu, keitä he olivat ja mihin heidät oli haudattu. Oli selvittämättä, missä laajuudessa Santahamina oli toiminut Helsingin vankileirien hautausmaana. Vuonna 1918 sisällissodan aikana ei ollut viranomaisia, jotka olisivat koonneet ja dokumentoineet tiedot Helsingin vankileireillä kuolleista ja heidän hautaamisistaan.
Uutisoinnissa esitettiin radiohiilimenetelmää hautausten iän osoittamiseksi. Vainajien henkilöllisyys haluttiin selvittää DNA-tutkimuksilla. Vaadittiin kaivauksiakin. Julkisuudessa tehtiin sangen vajain perustein pitkälle meneviä päätelmiä menneisyydestä. Haluttiin kertoa, että armeija on salannut synkän menneisyytensä. Jatkosodan teloituksistakin puhuttiin. Muutamaa vuotta myöhemmin huhut vain voimistuivat, ja kansalaismielipiteen rauhoittamiseksi valtioneuvoston oli rahoitettava kaivaukset Lappeenrannan Huhtiniemessä.
Asian selvittämisessä oli monia ongelmia. Osa Santahaminan vainajista kaivettiin ylös vuonna 1918, ja omaiset hautasivat heidät Malmin hautausmaalle ja osin muualle. Helsingin vankileireillä kuolleiden vankien henkilötiedoista ei ollut täyttä varmuutta. Erityisen vajavaisia olivat tiedot venäläisistä vangeista ja heistä, jotka eivät tienneet omaa sukunimeään – jos sitä nyt olikaan – ja syntymäaikaansa. Valtiollista väestörekisteriä ei vielä ollut eikä monella vangilla ollut minkäänlaisia henkilöpapereita mukanaan. Lisäksi pidätys-, karkaamis- tai kurinpitotilanteissa oli tapahtunut ampumisia ja vainajia oli siirretty.
Vuonna 2005 Santahamina-seura otti näkyvän roolin Santahaminan hautausmaa-asiassa. Yhdistys seurasi yleistä keskustelua, analysoi sitä ja tuki kaupunginvaltuutettu Yrjö Hakasen aloitetta Santahaminan punavankimuistopaikan tutkimiseksi ja kehittämiseksi. Hakanen kutsui koolle kaupunginmuseon, kaupunginarkiston ja Helsingin kaupungin historiatoimikunnan edustajien palaverin, johon allekirjoittanut osallistui Santahamina-seuran ja kokouksen puheenjohtajana. Santahaminassa pidetyssä tilaisuudessa luotiin lähtökohdat Santahaminan vankileirin ja hautausmaan historian selvittämiselle ja hauta-alueen kehittämiselle.
Toukokuussa 2005 Hakanen teki aloitteen Santahaminan joukkohaudan selvittämisestä ja kehittämisestä. Aloitteen allekirjoitti 44 valtuutettua.
– – esitämme, että kaupunginhallitus osoittaa kaupunginjohtajan toimialan varoista määrärahan vuosien 1918–1919 Santahaminan joukkohaudan historian selvittämisen tukemiseen ja joukkohaudan muistopaikan kehittämiseen yhteistyössä työväenjärjestöjen, museoviraston ja puolustusvoimien kanssa.
”Toivon, että tuon ajan arkistot tutkitaan entistä tarkemmin ja pyritään samalla selvittämään, ketkä joukkohautaan ovat aikoinaan päätyneet”, Yrjö Hakanen kertoi Helsingin Sanomien haastattelussa 13.10.2005. Kaupunginhallitus suhtautui aloitteeseen positiivisesti mutta ei myöntänyt esitettyä rahoitusta.
Asukasyhdistys yhdisti uusimmat tiedot Santahaminaan haudatuista ja informoi asiasta Maanpuolustuskorkeakoulun, Kaartin jääkärirykmentin, pääesikunnan ja puolustusministeriön johtoa. Aiheesta pidettiin puolustusministeriön järjestämä tiedotustilaisuus Sota-arkiston tiloissa marraskuussa 2005. Tilaisuudessa allekirjoittanut julkaisi Sota-arkiston asiakirjalöydöt ja Santahamina-seuran kokoamat uusimmat tiedot joukkohaudasta. Yhdistyksen hallitus oli jo käynnistänyt maastotutkimukset ja muistomerkin kunnostamisen vuosikymmenien patinasta.
Hakanen uudisti aloitteen yhdessä valtuutettu Tero Tuomiston kanssa keväällä 2006. Tulos oli sama kuin edellisessä aloitteessa: ymmärrystä, mutta ei todellista tukea. Tulevaa tutkimushanketta vauhdittivat aloitteiden tekijöiden ja tutkimusryhmän johtajan yhteiskäynnit apulaiskaupunginjohtajien I.-C. Björklundin (2006) ja Tuula Haataisen (2008) luona keskustelemassa tutkimushankkeen merkityksestä ja sen tarvitsemasta tuesta.
Vuodenvaihteessa 2006–2007 Helsingin kaupungin tietokeskuksen johtaja Asta Manninen pyysi allekirjoittanutta laatimaan tutkimussuunnitelman ja käynnistämään tutkimustyön Helsingissä ensimmäisessä maailmansodassa sotasurmissa menehtyneistä. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää Venäjän vallankumouksen ja Suomen sisällissodan tapahtumissa nykyisen Helsingin alueella kuolleiden tai haudattujen henkilöiden kuolin- ja hautaustiedot sekä niihin liittyvät tapahtumat.
Yhteistyössä tietokeskuksen erikoistutkijan ja kaupungin historiatoimikunnan sihteerin Carl-Magnus Roosin kanssa selkeytettiin tutkimushanketta täydentämään 2000-luvun alussa julkaistua professori Heikki Ylikankaan johtamaa Suomen sotasurmat 1914–22 -tutkimusta. Tutkimushankkeen haluttiin myös laajemmin tuovan uutta tietoa vuosien 1918–19 Suomen vankileirin välisestä ja Helsingin leirien sisäisestä toiminnasta.
Helsingin sotasurmat -tutkimushanke todettiin aiempien vuosien kokemuksien perusteella yhteiskunnallisesti tärkeäksi. Julkaistavat tiedot vähentäisivät – ehkä jopa poistaisivat – suomalaisten ja erityisesti helsinkiläisten jo kohta vuosisadan vallinnutta epätietoisuutta Venäjän vallankumouksen ja Suomen sisällissodan tapahtumista, kuolemista ja vankileireistä Helsingissä. Tärkeää oli myös selvittää suljettujen sotilassaarten hautauksien ja hautapaikkojen historia. Hanke myös selvittäisi sadoille suvuille, ehkä enemmillekin, esivanhempien viimeiset hetket ja hautaukset. Kansalaispalaute vahvisti asian merkityksen. Palautteet myös edistivät tutkimusta. Helsinki-tutkimus rohkaisee Suomen muita paikkakuntia tutkimaan omaa paikallishistoriaansa Suomen sisällissodan ja sen jälkeisten vankileirien ajoilta.
Tutkimushankkeen vauhdittamiseksi järjestivät Santahamina-seura ry ja Demokraattinen Sivistysliitto yhteistyössä Maanpuolustuskorkeakoulun kanssa huhtikuussa 2008 Santahaminassa Helsingin vankileirin 90-vuotisjuhlaseminaarin, vankileirikierroksen ja muistotilaisuuden hautausmaalla. Maanpuolustuskorkeakoulun suuressa auditoriossa oli 250 kuulijaa: tutkijoita, opiskelijoita, vasemmistopuolueiden jäseniä, punakaartilaisten jälkeläisiä, paljon santahaminalaisia sekä muita henkilöitä. Tapahtuma oli ilmeisesti suurin vuoden 1918 tapahtumien muistotilaisuus Santahaminassa 50 vuoteen. Symbolisesti merkittävä ele oli järjestäjien yhdessä laskema seppele haudalle.
Syyskuussa 2008 vietettiin Helsingin vankileireillä menehtyneiden 90-vuotismuistojuhla Suomenlinnassa. Muistotilaisuudessa oli kutsuvieraina valtioneuvoston ja Helsingin yliopiston edustajia sekä Suomen kirkon ja Helsingin kaupungin johtoa. Muistojuhlassa puhuivat arkkipiispa Jukka Paarma ja ministeri Tuija Brax. Mieleenpainuvin oli kuitenkin kansanedustaja Erkki Tuomiojan pitämä punavangin omaisen puhe, joka kuvastaa hyvin miten vuoden 1918 tapahtumia muistellaan nyky-Suomessa.
– – Vuoden 1918 sota jätti suomalaiseen yhteiskuntaan syvät haavat, joita sodan muisteleminen vielä pitkään ylläpiti. Jokaista sodan kymmenvuotispäivää on muisteltu erilaisissa olosuhteissa ja tunnelmissa. Nyt 90 vuoden jälkeen voidaan vuoden 1918 sotaa muistella vapautuneemmin ja aidosti yhtenäisemmin kuin koskaan aikaisemmin. Tähän on vaikuttanut ajan kulku ja se, että sisällissotaan liittyviä tulkintoja ja kannanottoja on vaikea enää millään mielekkäällä tavalla liittää tämän ajan suomalaisia koskettaviin yhteiskunnallisiin kysymyksiin tai osapuolijakoihin.
– – Meillä ei Suomessa ole kuitenkaan aihetta syyllisten etsimiseen tai tuomitsemiseen, ei liioin keinotekoisiin anteeksipyyntöihin ja anteeksiantoihin. Se, mitä edelleen tarvitsemme, on oikeata tietoa tapahtumista ja tämän tiedon tunnetuksi tekemistä, tunnistamista ja tunnustamista. Vielä enemmän tarvitsemme tietoihin ja inhimillisiin arvoihin pohjautuvaa yhteistä ymmärrystä. Ja ennen kaikkea tarvitsemme sitoutumista siihen, että teemme kaikkemme, etteivät sen kaltaiset tapahtumat, joiden yksiä uhreja olimme Suomenlinnan muistotilaisuudessa kunnioittamassa, voi enää missään päin maailmaa toistua ja jatkua ilman, että niihin puututaan kaikin käytettävissä olevin inhimillistä kärsimystä vähentävin toimin.
Vuodesta 2009 alkaen tutkimushanke sai tukea kaupungin historiatoimikunnalta ja tietokeskukselta. Punavankileirien historian selvittäminen kirjattiin syksyllä 2009 kaupungin seuraavan vuoden budjetin perusteluihin, ja budjettiin sisällytettiin ensi kertaa määräraha tähän tarkoitukseen.
Tietokeskuksen avulla palkattiin seuraavina kesinä Helsingin yliopiston historian laitoksen opiskelijoita keräämään tietoja Helsingin vankileirien vankikortistoista, seurakuntien hautauskortistoista sekä erilaisista uusista listauksista, jotka olivat nousseet julkisuuteen hankkeen aikana.
Opiskelijoista Tuukka Pirttilahti ja Ilkka Jokipii jatkoivat selvitystyötään pro graduina Helsingin vankileireistä. Työn tulokset esitellään nyt julkaistavan kirjan artikkeleina. Harry Halén jakoi tietonsa Venäjän vuoden 1917 vallankumouksen upseerisurmista ja venäläisistä kesän 1918 Helsingin vankileireillä. Tauno Tukkisen selvitykset punakaartilaisten rintamatappioista ja Helsinkiin hautaamisista liittyvät Helsingin kevään 1918 hautauksiin Mäntymäelle ja Malmille. Tuomas Hopun ja Aapo Roseliuksen artikkelit kertovat Helsingin punakaartien sotatiestä ja kohtalosta rintamilla sekä taistelusta Helsingistä. Jukka Mattila kirjoittaa Helsingin valkokaartista ja Kari Kuusela saksalaisiin lähteisiin perustuen Helsingin valtauksesta huhtikuussa 1918. Veronika Shensinin katsaus suomalaisten venäläistaustaisiin perheisiin kohdistamasta terrorista valaisee sisällissodan jälkeisiä vaikeita aikoja Helsingissä. Santahaminassa tapahtuneet teloitukset ennen virallisia oikeuden päätöksiä avautuvat kaikessa karuudessaan Juhani Piilosen artikkelissa. Sari Näre kertoo 1910-luvun nuorisoliikkeestä, sakilaisista, ja Jenni Kirves sodan arvista ja hävinneen puolen muistamisen vaientamisesta.
Tammikuun 1918 vallankaappauksen jälkeen punaiset järjestivät nopeasti Helsingin kansanhuollon ja hallinnon. Punaisen Helsingin historia avautuu mielenkiintoisella tavalla Laura Kolben artikkeleissa ja siviiliväestön kohtalo laajemminkin ensimmäisen maailmansodan Helsingissä Samu Nyströmin kertomana. Oma erikoistumiseni koskee tietokantaa menehtyneistä sekä Santahaminan hautaamisiin liittyvää arkisto-, paikka- ja muistitietoa. Jarkko Kempin artikkeli Helsingistä maailmansodassa antaa tapahtumille kehykset.
500-sivuisen teoksen graafisen ilmeen on suunnittelut ja kirjan taittanut Jussi Leppänen. Hänen persoonallinen otteensa vahvistaa kirjan sanomaa upealla tavalla. Seppo Rustanius on valinnut yli 300 valokuvaa kymmenistä yksityisistä ja julkisista arkistoista. Rustanius on vuosiin 1917 ja 1918 parhaiten perehtyneitä dokumentaristeja Suomessa; kirjaan on löydetty merkittävä määrä aiemmin julkaisematonta kuvamateriaalia. Tekstien selkeyttämisestä on huolehtinut Lisse Tarnanen.
Osoitan nöyrän kiitoksen hankkeen alullepanijoille, kirjan tekijöille sekä Helsingin kaupungin tietokeskuksen johtajalle Asta Manniselle ja erikoistutkija Carl-Magnus Roosille hankkeen mahdollistamisesta. Oman kiitoksensa ansaitsevat Santahamina-seuran vapaaehtoiset ja puolustusvoimien suorittamat Santahaminan hautausten maaperätutkaukset.